Die Quellen im Ahnfrautal werden von verschiedenen Wasserschutzzonen mit insgesamt 92,3 Hektar Fläche umgeben. Davon sind 70,8 Hektar Wald und 21,5 Hektar Feldflächen. Um eine gute Wasserqualität – vor allem hinsichtlich Nitrat - zu gewährleisten, gibt es für die landwirtschaftlichen Flächen Einschränkungen beim Einsatz von Düngemitteln und Pestiziden, wofür die betroffenen Landwirte Entschädigungen vom WBV Rohr erhalten.